Nata nel Seicento come Casale de Palia, da pastori abruzzesi dediti alla transumanza, ben presto divenne un vero e proprio borgo, accrescendo il numero della popolazione, per la consistente immigrazione di genti limitrofe che abbandonavano le proprie abitazioni per scampare alla malaria.
Trinitapoli sorge sulla parte bassa del Tavoliere delle Puglie, in una zona ricca di ritrovamenti ipogei. Presso il Museo degli Ipogei sono esposti materiale preistorico e ritrovamenti archeologici. Fanno parte del Parco Archeologico di Trinitapoli due ipogei: l'Ipogeo dei Bronzi e l'Ipogeo degli Avori. Gli Ipogei sono importanti strutture scavate nella roccia calcarea per celebrarvi suggestivi riti di carattere propiziatorio, probabilmente collegati alla caccia e alla fertilità del raccolto e in seguito riutilizzati come sepolture collettive.
Costruita nel 1767, la maestosa Cattedrale di Santo Stefano conserva all'interno di una nicchia l'icona della Madonna di Costantinopoli e le spoglie di Padre Giuseppe Maria Leone.
Risale, invece, al 1204 la Chiesa della Madonna di Loreto, con un bell'affresco rupestre in stile greco-bizantino. L'origine del culto alla Madonna di Loreto risale ai primi secoli dopo il Mille, allorché fu realizzato l'affresco raffigurante la Vergine, attribuito al XI-XII secolo, che la leggenda vorrebbe casualmente scoperto sotto una siepe da un pastore di nome Loreto, il quale ne alimentò la devozione. La piccola cappella fu poi ingrandita nel 1827 e sostituita dall'attuale santuario.
Ricordiamo, infine, la Chiesa di San Giuseppe, la Chiesa di Cristo Lavoratore, la Chiesa di sant'Anna (in origine della Santissima Trinità) ed il convento dei frati cappuccini.