Il toponimo deriva dal composto latino "sub" (sotto) e "ficinulae", diminutivo di "ficum"; nella zona numerosi sono i reperti di epoca preistorica, etrusca e romana.
Sotto l'influenza senese nel 1240 Sovicille si costituì in libero comune, dotandosi di statuti propri. Nel corso del XIII secolo ebbe inizio per Sovicille un periodo di declino dovuto agli accesi scontri tra le città vicine per la contesa del borgo che ne comportarono il saccheggio del territorio. La ripresa economica coincide con l'annessione del paese al dominio de I Medici di Firenze.
Il patrimonio storico-artistico del territorio è di assoluto rilievo e può vantare una diffusa presenza di pievi romaniche e abbazie come San Giusto a Balli, Pernina, Molli, Ponte allo Spino, Torri col notevole chiostro policromo dell'abbazia di Santa Mustiola , San Lorenzo a Sovicille. Tra le ville si segnala la seicentesca Cetinale progettata dall'architetto Carlo Fontana; Celsa col giardino all'italiana e la settecentesca Villa Linari.